控方指控各被告的一連串行為，屬於「顛覆國家政權」罪下的「非法手段」；而「非法手段」不一定涉及武力，亦有兩個層面，其一是違反刑事罪行，另一層面是濫用職權。
辯方在中段陳詞（法律 101 文章）及結案陳詞反駁，就「非法手段」的定義提出數項爭議，包括指必須與武力有關，故不適用於各被告的行為。辯方亦爭議，控方沒法證明串謀罪的元素，從而挑戰控罪的法律基礎。
沈士文：「非法手段」沒明確定義
代表林卓廷、黃碧雲的大狀沈士文提出，直至本地《釋義及通則條例》 第 3AA 條「對擁護《基本法》、效忠特區的提述」訂立之前，「非法手段」的定義在法律上處於「真空」狀態。而第 3AA 條是至 2021 年 5 月（本案控罪時間後）才生效，故對本案沒追溯力。
翻查條文，第 3AA 條的 (3)(f)(i) 至 (iii)，訂明「無差別地反對特區政府提出的議案」，意圖以此逼使特首下台及推翻政府等行為，不屬擁護《基本法》。
主控萬德豪反駁指，第 3AA 條是將已有的定義訂為法例，但涉案行為此前已受法律規管；又指被告串謀藉否決預算案作為談判籌碼，逼使政府妥協，從常識而言不會是合法。
關文渭引普通法原則詮釋
指「非法手段」須涉武力
李予信的代表大狀關文渭，在辯方聯合陳詞時指，控罪條文寫法是「以武力、威脅使用武力或者其他非法手段」，而參考終審法院索帶案應該引用「同類原則」，承接前段脈絡詮釋，「其他非法手段」必須與武力，即物理上的強逼或脅逼有關。
控方反對，指如果「其他非法手段」只限與武力有關，會收窄立法原意；又指當今社會可藉社交媒體散播謠言、操縱人民，危及國家安全，不一定涉及武力。
法官質疑辯方，指假如某人的作為帶有顛覆意圖，但不涉武力，例如以電腦病毒攻擊政府系統導致無法運作，仍不會干犯顛覆罪？關文渭同意，指該人或干犯「恐怖活動」罪，而不是顛覆罪；又稱「顛覆」意指推翻政權、系統，很難透過武力、威脅用武力以外的方式達成。
法官亦問及「同類原則」是普通法的詮釋方法，但《國安法》是由中央制訂，辯方何以認為該原則適用。關引「莊豐源案」為例，指終院已確立以普通法原則解釋《基本法》。
關又引終院在「呂世瑜案」指出，詮釋《國安法》時可參考全國性國安法律，但指《中國刑法》中的顛覆政權罪，並沒列出具體行為；關指正因如此，更顯得《國安法》中的「以武力、威脅使用武力」字句，有其用意。
反對控方指控被告涉公職失當
控方在第 59 天審訊，在法官追問下首次確認，指控各被告在《國安法》生效前，已涉嫌觸犯「公職行為失當」罪。而在結案陳詞時，控方再總結指「非法手段」有兩個層面，除公職失當外，亦涉「濫用職權」，後者不必然涉及刑事罪行。辯方均予反駁。
沈士文回應指，「公職行為失當」罪與顛覆罪是完全不同，亦不相關；又指若控方一早提出，辯方就需以此為基礎抗辯，但控方沒有這樣做，而是在審訊逾 50 天後才提出，做法對辯方極其不公。
法官亦指出，控方在書面陳詞亦沒有提及公職失當的指控，只是在口頭答問時確認，而同案認罪被告的承認案情，都沒有提及這一點。
代表何桂藍的大狀 Trevor Beel 在結案陳詞指，控方在審訊期間才提出公職失當的指控，但早在開審前已說不會傳召相關證人葉劉淑儀作供；又指辯方亦希望能傳召專家證人，但法庭不會接納再提出爭議，故同樣地，亦不應接納控方所提出的公職失當指控。
馬維騉反駁控方指濫權屬「非法手段」
辯方亦反對控方指「非法手段」包含「濫用職權」。代表陳志全的大狀馬維騉舉例，若有大律師違反《行為守則》，例如沒有指出辯方案情，至多是瀆職、失職，但若說該大律師的行為是「非法」，就會太牽強。馬又指，「失職」在本質上不構成「非法」。
馬維騉提出，控方指控被告違反《基本法》訂明的職責，但失職本身不足以構成「非法」；控方當然亦可指控被告的作為旨在顛覆，但若是這樣，控方就必須證明被告的意圖，不止是否決預算案，而是有意圖顛覆政權。
Trevor Beel：「非法手段」必指刑罪行為
Beel 亦反駁控方，指「非法手段」必然是指涉嫌觸犯刑事罪行的行為，稱如按控方所指不必然涉及刑罪，會導致法例蒙上不確定性，有違普通法或法治，出現「你犯的罪就是沒有犯罪」（you have committed a crime by not committing a crime）的情況。
Beel 提出，若一個人做出的行為沒被列為刑事罪行，就不應被定罪。而若要證明被告有罪，必須證明他們於達成協議時必然知道涉案行為會構成違法；但在本案中，無差別否決預算案沒被法例禁止，被告亦從來都不認為他們的作為是違法。
Beel：被告沒實踐串謀協議的意圖
多位辯方大狀包括 Trevor Beel 都指出，被告不相信「35+」能夠達成，各自是基於不同原因參與初選，並沒意圖參與顛覆謀劃。不過法官質疑，縱使相信謀劃不可能實踐，亦非違法的辯解。
Beel 稱同意，但指出串謀罪的元素，除了要證明達成協議，亦須證明被告是具有意圖作出協議的行為。在本案中，被告根本不相信可取得立法會大多數議席，故從沒意圖實行控方所指謀劃的行為，故並無犯串謀罪。
回到控罪分析報道
（2）無差別否決政府預算是否《基本法》容許？
（3）特首解散立法會、政府運作癱瘓 在《基本法》機制下會否及如何發生？
（4）各被告何時加入串謀？可否以《國安法》前的言行舉證？