2012 年造成 39 人死亡的南丫海難，死因庭周四（18 日）展開第 44 日研訊，由各方結案陳詞。海難後，南丫四號被發現油箱房與舵機房之間的半格艙壁無裝水密門，海事處被質疑多年來檢驗都沒發現問題。
海事處一方承認，驗船人員在建船階段警覺性不足，錯失發現漏裝水密門的機會，但強調年檢著眼於船體有否損毀，若要求驗船督察核對圖則，檢視組件有否改動，「不公平亦不合理」。處方又指，被傳召作供的海事處人員，大多已退休，其供詞不代表海事處現況，強調部門在海難後已積極改革，增加驗船培訓及考核，部門文化已徹底改變。
另外，家屬方認為海事處時任驗船主任梁維學作假證供，建議轉介執法部門跟進。死因裁判官周慧珠聽畢各方陳詞，擇日裁決。
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南丫海難｜家屬、海事處結案：南丫四號原意有水密門 財利董事羅愕瑩撒謊 財利不同意
另外，遇難者家屬及海事處均主張，南丫四號設計原意有水密門，質疑財利船廠董事羅愕瑩在庭上撒謊，以隱瞞財利漏裝水密門。財利一方則重申，設計南丫四號時已決定不裝水密門。（見另稿）
海事處：承認建船階段錯失機會發現問題
海事處在南丫四號建船階段，至其後定期年檢，都沒發現半格艙壁的通道口漏裝水密門。海事處代表大律師羅蔚山引述家屬方陳詞，質疑不同驗船督察對法例的理解不一、欠缺警覺性、過分依賴新船檢驗、工作態度沒有改善等。
羅蔚山表示，處方承認在建船階段，驗船人員警覺性不足，錯失發現漏裝水密門的機會。但在其後的年檢，檢查則著眼於船體有否損毀，而非船隻的結構。
處方續指，船體結構複雜，除水密門外還有燈、舷窗、通道口、水密蓋，有許多組件都可能與建造時不同，難以要求驗船督察每次都核對圖則，以檢視組件有否改動，對年檢的督察施加「不公平和不合理」的要求。
海事處：海難後已增加培訓及考核
處方強調，在海難後已引入驗船培訓課程和考核制度，訂立清晰的驗船工作流程及準則，已有明顯的改善。處方又提到，被傳召作供的驗船督察，大多已退休，他們不清楚處方現行政策，只能就自己當年的經驗作供，但部門文化自海難後已徹底改變。
對於家屬方建議，驗船督察須簽署聲明確保船隻按圖建造，羅蔚山指處方曾作出考慮，但經顧問公司評估後，認為不太可行，並強調處方每年驗船一次，全年其餘 364 日，都要靠船東維護船隻，不私自改動結構，單靠處方難以完全確保船體沒改動。
羅強調，南丫海難是前所未見的嚴重事故，處方事後已審視政策，主動落實許多改善建議，保障海上安全，助理處長陳思賢的供詞亦提及許多改善措施，反映處方改革的決心。羅續指，各利害關係方都「上了貴寶一課」，希望海難為香港帶來有意義的改變，在死因研訊結束後，大家都可以展開新一章。
家屬方：有證人作假證建議轉介跟進
另外，家屬方庭上提到，認為海事處時任驗船主任梁維學作假證供，建議轉介執法部門跟進。
翻查資料，梁維學於 1996 年負責覆核由驗船督察審批的南丫四號穩性計算書。梁庭上供稱當年不認識「船總長度一成」規例。家屬方當時指出，梁於獨立調查委員會作供時提到，自己認識上述規例並詳細解釋計算方法，質疑他因發現自己疏忽而改口供，梁否認。
家屬方：同意內側圍板不達標對事故沒影響
研訊探討的其他議題，包括南丫四號其中一塊內側圍板高度僅 190 毫米，不符 300 毫米高的標準，對事故有否構成關鍵影響。家屬方結案陳詞時接納，內側圍板高度不達標，對南丫四號的沉船速度沒影響，但認為按指引仍須達 300 毫米高。海事處一方則指，由於外側圍板的高度已達 300 毫米，故內側圍板毋須再達標。
港九小輪：海泰號船頭鋼板沒關鍵影響
另外，針對「海泰號」船頭加裝了 L 形金屬圍板，港九小輪的代表律師許洁瑜指，各方均沒爭議在事故發生時，「海泰號」左邊船頭的圍板已剝落，而即使船頭裝有圍板，對南丫四號的損毀亦沒有關鍵影響。海事處一方指，同意圍板對事故沒重大影響，但主張財利在加裝圍板時須通知處方，由處方決定改動是否需要批准。
港九小輪：船員雙更制行之有效
研訊另曾探討港九小輪的海泰號船員，以雙更制 24 小時值班工作須否改善。家屬方邀請法庭就此給予建議。裁判官關注，工時議題不單牽涉海事處，亦涉及其他船公司、勞工處等單位，但它們並無參與是次研訊，由法庭作出建議是否適當。家屬方認為，海事處有責任主動與船公司討論工時議題。
港九小輪一方則指，不論在獨立調查委員會或刑事審訊中，均沒指控船員工時問題導致海難發生，並強調「雙更制」並非要求船員連續 24 小時工作，而是有休息時間，重申「雙更制」多年來行之有效，沒有人投訴。
CCDI-1075-1113/2012(MC)