2012 年造成 39 人死亡的南丫海難，死因庭周四（5 日）展開第 23 日研訊。海難發生後，運房局在 2014 年公布內部調查摘要，列出海事處多項不足，包括內部溝通不足、做事因循等。時任海事處長廖漢波出庭作供時指，當時已退休沒閱讀內容。
他在提問下不同意報告大部分批評，指「佢（運房局）有個別嘅觀點，呢個我唔可以阻止」，又認為因發生了事故，報告的意見會「比較 critical（批判）啲」，僅同意培訓及監察制度等「永遠都有啲空間改善」。
另外，針對南丫四號漏裝水密門，海事處前副處長童漢明認為，驗船督察在現場理應察覺到問題，「即係我哋同事嘅警覺性唔夠囉」。主任質疑，多年來至少 7 名督察都沒發現漏裝水密門，「唔係警覺性問題，係工作態度問題」，是否反映部門文化？童不同意，稱「仍然覺得係（同事）警覺性問題」。聆訊周五續。
2012 年造成 39 人死亡的南丫海難，死因庭周三（4 日）展開第 22 日研訊，傳召前高級海事主任李建邦作供，他確認海難中另一艘船海泰號在 2012 年獲海事處豁免，在固定路線毋須遵守法定的航速限制，以便快速接載乘客，但指海泰號仍須遵守國際通用的《避碰規則》，以安全速度行駛，以便有碰撞時採取適當避讓。
李接受家屬方提問時供稱，以他所知海事處審批豁免時，不會考慮船的破艙穩性、載客人數，他亦不知道海事處會否參考同一條航道有多少船隻獲豁免。研訊周四續。
2012 年造成 39 人死亡的南丫海難，死因庭周二（3 日）展開第 21 日研訊，傳召前助理處長蔡志全作供，他被質疑沒發現財利船廠於 1998 年遞交的穩性報告出錯。蔡指，當時主要閱讀下屬計算的穩性報告，不一定有看船廠的報告，「未必 aware（察覺）到問題」。
家屬方指蔡沒按處方指引做好把關。蔡則指，工作指引非強制性，又指「我可以咁講，當時擺喺我面前嘅數據，令我相信隻船係符合咗當時嘅要求」。
另外，1995 年南丫四號建造時，負責檢驗船體內部的時任驗船督察馮偉文供稱，新船建造時，船艙一般不會裝上水密門，以免阻礙施工，又指水密門非船體結構，故不屬他檢驗的範疇，會留待最終檢驗時才跟進。
家屬方提出，海事處最終檢驗的項目清單，不見有水密裝置。馮指，清單沿用多年、項目不齊全，「好多檢驗我哋唔寫晒落去，掉返轉個方法就係邊啲有缺陷先會寫低」，又指若驗船督察沒寫要跟進水密門，「即係代表個檢驗佢滿意」。聆訊周三續。
2012 年造成 39 人死亡的南丫海難，死因庭周一（2 日）展開第二十日研訊，庭上傳召海事處前助理處長廖朝暉作供。他於 2005 年任驗船主任時，曾審批南丫四號就申請升高壓載物而重新提交的穩性報告。
廖供稱，升高鉛壓物並不影響船重，就如「屋企裝修將傢俬搬個位，唔係重大改裝」，故認為處方毋須重新計算穩性數據，只需與過往報告的數據比對。家屬方質疑廖指示下屬毋須重新計算數據、當下屬匯報異常時他亦沒深入了解，是「冇做好你工作」，廖否認。
庭上另質疑，南丫四號的穩性報告沒應用 「船總長度一成」規例，惟廖未有發現。廖重申當時僅對比舊報告，而船隻沒有改裝，「我唔為意到」。家屬方質疑「上一手都錯，你唔為意到，所以繼續錯？」廖回答「係」。聆訊周二續。
2012 年造成 39 人死亡的南丫海難，死因庭周五（30 日）展開第十九日研訊，傳召海事處時任高級驗船督察黃鑑清出庭作供。他曾於 1996 年及 2012 年為南丫四號驗船，並確認於 1996 年新船檢驗時，需入船艙檢查積水抽取系統，但對於舵機房與油箱房之間的通道口沒有印象。
至於 2012 年的最後檢驗，黃指當時須檢驗甲板上的水密裝置，甲板下則須檢查機房。被問及會否檢查其他船艙，黃則指要「睇情況囉」。研訊主任追問「咩情況？」，黃回應指「記唔起喇」。
另外，就另一驗船督察早前供稱，南丫四號於 2005 年申請升高壓載物時，他考慮到有關申請不影響船重，故請示後認為毋須重新計算穩性數據。時任首席驗船主任梁榮輝周五供稱，壓載物位置有變，明顯會影響船隻穩性，同意研訊主任所指，處方應重新計算數據。
2012 年造成 39 人死亡的南丫海難，死因庭周四（29 日）展開第十八日研訊。南丫四號在 2005 年申請升高船底壓載物，海事處時任驗船督察周圖銳在場觀察傾斜測試，他供稱當日經甲板的通道，進入各個船艙檢查，毋須經過艙壁之間的通道口。
研訊主任指，周檢查時須確定船艙為獨立艙，「如果你有睇（通道口），咪知油艙唔係獨立艙？」周指，當時環境太黑，他手持電筒入船艙並沒有檢查艙壁，而他確認是否獨立船艙的方法，是檢查甲板上有否入口，「我已經睇咗佢上面係可以落到去，係一個獨立艙嚟」。
周另負責審批南丫四號該次申請的穩性計算書，他指，由於升高壓載物不影響船重，請示上司後認為毋須重新計算穩性數據，最後以南丫四號 1998 年的穩性數據作比對，便批出短期驗船證書；又指自己當時不認識計算數據時須遵守的「船總長度一成」規例。
2012 年造成 39 人死亡的南丫海難，死因庭周二（28 日）展開第十七日研訊。海事處前高級驗船督察麥溢威，1998 年南丫四號申請增加壓載物時，負責審批財利船廠重新提交的穩性數據。他指自己有用海事處電腦軟件核對數據，但當年不知亦不認識「船總長度一成」規例。
家屬方質疑，海事處為何會委派不懂相關規例的人員審批數據？麥回應指，「我唔一定識，上司派我去做囉」，又指自己是在海難後「睇返啲新聞」才知南丫四號與上述規例有關。
另外，已退休時任驗船督察譚開勇供稱，2003 年曾為南丫四號驗船，指自己事前會翻看檢驗紀錄及圖則。家屬方指紀錄顯示，該年南丫四號應進行四年檢，但譚進行了兩年檢，質疑他改變了南丫四號的驗船週期。譚反問，「你點知我搞亂？你憑咩？」，又指如有犯錯「下一手應該會睇到」。
2012 年造成 39 人死亡的南丫海難，死因庭周二（27 日）展開第十六日研訊。曾為南丫四號做四年檢的海事處時任高級驗船督察王文偉供稱，入船艙檢查主要觀察內部有否生銹及變形，不會無故懷疑船艙之間的通道口應有水密門。
家屬方指，四年檢須檢驗艙壁厚度，理應要閱讀圖則，質疑王看過圖則仍沒發現南丫四號少了一道水密門，是沒做好驗船工作，王表示「呢個我唔係好同意」。他其後在海事處代表提問下確認，該次驗驗南丫四號船齡僅 3 年，根據海事處指引，船齡達 8 年以上的船隻才需測試船殼厚度，故當時毋須進行鋼板厚度測試，「更加唔需要睇（圖則）」。
另外，海事處時任高級驗船督察歐陽俊德確認，南丫四號在 1996 年建成時，驗船清單列明船殼及艙壁由海事處檢驗，按他理解包括檢驗水密艙壁；船體內的水密測試則由中國船級社負責。
2012 年造成 39 人死亡的南丫海難，死因庭周一（26 日）展開第十五日研訊，傳召海事處時任驗船主任梁維學作供，他在 1996 年覆核由驗船督察審批的南丫四號穩性計算書。梁供稱當年剛加入本地船舶安全組，不太熟悉工作要求，亦不認識「船總長一成」規例，不知道計算抗沉數據時，南丫四號船尾的舵機房和油箱房，應視作一艙計算。
家屬一方指出，梁於 2013 年獨立調查委員會的證人供詞提到，他認識上述規例並詳細解釋計算方法，質疑他現時因發現自己疏忽而供出新版本。梁重申已不記得當年證供，否認在庭上說謊。
梁又指「因為冇諗住仲有呢個庭，所以好多文件我都唔記得晒，或者銷毀晒」，並指自己多年來沒翻閱相關資料，「因為都唔想再記得呢啲唔開心嘅嘢」。梁完成作供後，戴上黑色鴨舌帽及白色口罩，獲安排由車窗貼上遮光貼紙的私家車接送離開法院。研訊周二續。
2012 年造成 39 人死亡的南丫海難，死因庭周五（23 日）展開第十四日研訊，負責審批南丫四號圖則的海事處前首席驗船主任黃志堅出庭作供，他供稱圖則同時標示水密艙壁及有通道口，並沒有矛盾，因相信船廠會按海事處規例加裝水密門，「如果佢（財利船廠）唔裝呢，就係冇按我哋要求去建造嗰隻船」，又形容通道口猶如窗口，「個窗點會冇玻璃？」，強調自己審批時「完全無錯」。
至於在新船檢驗階段，為何沒發現通道口沒水密門。黃指南丫四號在內地建造，由中國船級社檢驗內部結構，包括水密通道，並非海事處負責。家屬方引述海事處驗船清單，列明船殼內部結構由海事處檢驗。黃一度指清單不適用於南丫四號，其後在財利一方提問下，確認文件顯示南丫四號的內部結構，是由海事處檢驗。
另外，遇難者家屬之一趙炳全在庭外向記者表示，對連日出庭作供的證人感到失望，「每個人都覺得自己做得啱，每個人都係卸緊責，每個人都係一個推一個，我哋家屬真係好唔滿意，到底係邊個責任」。另一家屬梁淑玲亦表示，研訊尚餘五分之四，期望之後的證人「憑良知」作供，「幫手講出嚟啦，反正你都知道冇人會 charge（檢控）你」。研訊下周一續。