政府建議根據《維護國家安全條例》（俗稱「23條」）訂立附屬法例，訂明若特首發出證明書認定某些刑事罪行涉及危害國安，該案即屬國安案件，以國安相關程序處理；同案所涉及的交替控罪，亦會被視為國安罪行。
律政司司長林定國強調，附屬法例只是更清楚界定現有機制，沒新增任何罪行、罰則或執法權力，而特首發出證明書後，法院無權推翻。保安局局長鄧炳強則指，有關修訂不會「加辣」，當特首發出證明書後，案件將由指定法官審理、可延長扣留期等。
翻查資料，「港大評議會案」被告張敬生在 2024 年申請人身保護令時，曾爭議所承認的交替控罪非國安罪行，要求獲獄中行為良好扣減提早獲釋。特首其後發證明書指案件涉國安，國安委亦介入指其交替控罪屬國安罪行，最終申請失敗。
文件：特首發證明書即屬危害國安案
立法會網頁周一公布保安局及律政司聯合遞交的文件，指政府擬循「先訂立，後審議」方式訂立附屬法例，述明在《香港國安法》及《維護國家安全條例》下，何謂「特區的法律下其他危害國家安全的罪行」。
文件指出，機制如下：
（一）如特首根據《國安法》或《維護國家安全條例》發出證明書，認定某刑事行為涉國家安全，該案即屬危害國安案件，就該作為引發調查、拘捕或檢控的罪行，即屬危害國安罪行；
（二）被告若被控危害國安罪行，在同一案件被控或被裁定干犯任何交替罪行，該交替控罪亦會被視為危害國安罪行
文件：制定附屬法例不涉新罪行
文件指，訂立附屬法例旨在為實施國安相關法例時「帶來更大確定性」，強調不涉及任何新訂刑事罪行、處罰或執法權力，又指不論是國安案件抑或其他案件，所有面對刑事指控的人都受《基本法》等保障，「會繼續享有由有獨立審判權的司法機關進行公平審訊的權利」。
政府在聽取委員的意見後，將盡快就附屬法例刊憲，提交立法會進行「先訂立， 後審議」程序，爭取附屬法例在刊憲當日生效。
林定國：行政機關較法院適合判斷涉否國安
立法會保安事務委員會、司法及法律事務委員會周一（8 日）開會討論。律政司司長林定國在開場發言時補充，特首證明書機制與普通法原則一致，稱司法機關尊重行政機關對國家安全的評估和判斷，又指行政機關擁有的經驗、知識、資源和情報，遠較法院具能力作出合適判斷。
保安局長鄧炳強則指，現時《維護國家安全條例》第 7(d) 條，國安罪行包括「特區的法律下其他危害國家安全的罪行」，但未有列明涵蓋甚麼罪行，舉例提到若有人劫走國安犯，屬危害國安的行為，但劫獄本身並非危害國安罪行。訂立附屬法例後，當特首發出證明書，可將該案列為國安案、劫獄相關罪視為國安罪行，並採取國安相關程序，包括由指定法官審理、可延長扣留期、有更嚴格的保釋門檻等。
議員關主證明書有否截數期限
會上共 16 名議員發言，其中新民黨議員李梓敬問法律程序去到哪一階段，不可再引用特首證明書；擁大律師資格的選委會議員范凱傑則引「張敬生案」，指懲教署於張服刑期間、提出人身保護令申請時，才索取特首證明書，關注有關安排有否「截數期限」。
林定國表示，「一定有個 cut-off point」，如有人獲判無罪，不會重新指案件涉國安而要求法院重新再審。他指，當局會很快落實草案字眼，但原則上法律程序完成後「唔可以返番轉頭」。
他又指人身保護令等申請，屬原有案件引伸出來的獨立申請，是次修訂就是希望排除不確性，不希望再有不必要的糾紛，令法律更清晰，「而家有個證明書，係排除咗無證明書呢個情況，即係唔應該會再出現呢啲嘅情況㗎喇」。
民建聯議員陳克勤關注，網上流傳不實言論，希望政府解釋清楚相關法例如何沒有「加辣」。鄧炳強舉例指，假設一個人涉藏有爆炸品，本身不是國安案件，即使特首發出證明書後列為國安案處理 ，仍會沿用涉及藏有爆炸品的最高刑罰。
鄧炳強：日後毋須法官演繹涉否國安
法律界議員陳曉峰則問及，行政長官證明書制度並非新制度，制定附屬法例是否必須。鄧炳強指，政府有憲制責任持續完善維護國家安全條例，「講清楚個法律含意，而唔需要喺個法庭入面，由法官再去演繹我哋嗰個法律」。他指出，過往在法庭不時有爭拗 ，「究竟呢個情況係唔係呀、嗰個情況係唔係呀。以後唔需要去演繹喇，只有喺特首簽發咗呢啲嘅證明書底下嘅案件，先至係危害國家安全嘅案件。」
被問特首證明書會否公開
林定國：審訊程序公開
林定國與鄧炳強其後見記者。有記者問，如審訊時才發現案件與國安無關，法庭可否推翻證明書。林定國指，法院不可推翻特首發出的證明書，因證明書對法院有約束力，並提到要判斷案件是否涉及國安時，往往觸及由行政機關負責的敏感及高度機密資料。
被問到特首發出證明書後會否向公眾公開，林定國指，當有案件採取國安相關程序進行，包括由指定法官審理，公眾都會知悉，「因為我哋所有嘅國安嘅處理嘅程序，後續嘅程序、審訊都係公開進行，所以大家係會知呢件事嘅，我諗呢個如果用常理判斷嘅話，個答案係肯定嘅」。
特區政府晚上進一步回覆《法庭線》查詢指，如行政長官就案件的有關犯罪行為發出證明書，必然會告知法庭和被告，使法庭和涉案各方遵從適用於危害國家安全犯罪案件的程序，又指國安案件的審訊程序一般在公開法庭進行，公衆人士便有機會知道行政長官有否在相關案件中發出證明書。
至於政府會否考慮公開指定法官名單，讓公眾有更多資訊了解案件是否列為國安案，當局則回覆指，指定法官名單屬特區維護國家安全工作信息，不予公開。
張敬生曾申人身保護令
爭議交替罪非國安罪
翻查資料，在 2021 年「港大評議會案」中，港大 4 名學生被指在學生會評議會會議上，動議及支持七一刺警案疑兇梁健輝的議案，被控《國安法》下「宣揚恐怖主義」罪。4 人在 2023 年承認交替控罪「煽惑他人有意圖而傷人」，刑期在上訴得直後獲減至囚 15 個月。
2024 年，張敬生向高院申請「人身保護令」，特首李家超 3 日後就案件發出特首證明書，指案件涉國安，審理的法官遂由原定的高院法官高浩文，改為《國安法》指定法官黎婉姫。
代表張敬生的資深大狀彭耀鴻指，張在獄中行為良好，應獲三分之一刑期扣減得以即時釋放，但被懲教繼續羈押，認為與懲教署長根據《監獄規則》第 69(1A) 條，認為張敬生被裁定犯危害國家安全的罪行而服刑有關，並爭議張所承認的交替控罪，不符「犯危害國家安全的罪行」定義。
懲教署代表、資深大狀呂世杰反駁指，特首已根據《維護國安條例》第 115 條發出「證明書」，指被告的行為牽涉國安。隨後，國安委針對張所涉的控罪性質，下達兩項決定，包括指張敬生在案中被定罪的「煽惑他人有意圖傷人」罪，涉及國家安全，屬危害國家安全罪行，以及指若張獲得減刑，不利於國家安全。
法官黎婉姫最終引「黎智英案」，指國安委決定不受司法覆核，對法庭有約束力，裁定懲署繼續羈押屬合法，駁回張的人身保護令申請。