2012 年造成 39 人死亡的南丫海難，死因庭周四（12 日）展開第 28 日研訊。港燈時任海事主任鄧雲安早前供稱，南丫四號新船驗收時，留意到尾艙艙壁有通道口而沒有水密門，曾當面向財利職員提出，遭對方反駁「海事處批得即係得，合約寫明海事處 OK 就 OK」。
財利一方周四向法庭申請呈交鄧於 2013 年調查委員會的證供，指其證供與當年不一致。死因裁判官周慧珠考慮後，批准財利一方的申請，但指鄧早前作供時，各方均積極提問，財利方卻沒即時提出質疑，批評其做法對各方不公，強調是次批准申請屬例外。聆訊周五續。
2012 年造成 39 人死亡的南丫海難，死因庭周三（11 日）展開第 27 日研訊，傳召港燈前水手梁國有作供。梁憶述，南丫四號新建成時已沒有水密門，當時覺得不常見，但沒告知高層，稱「我哋一般水手點會咁多齮齕」。
他又指，南丫四號航行時較搖擺，曾遇上大風浪「船傾斜好犀利」，故公司決定做傾斜測試，再申請增加壓載物。他認為，通道口沒安裝水密門，「假如冇撞船咪冇問題，如果嗰個位置受重創，（船艙）原本可以獨立，依家開個窿咁大，一有水，好快兩個艙就會灌滿水」。聆訊周四續。
2012 年造成 39 人死亡的南丫海難，死因庭周二（10 日）展開第 26 日研訊。港燈工程師羅國昌供稱，知悉南丫四號尾艙艙壁有通道口，與其他港燈船隻不同，但認為只是「設計唔同」，沒有深究。
針對海事處的驗船情況，羅稱驗船督察會進入船艙「環顧四周咁睇」，亦會從尾艙舵機房經過通道口進入油艙。羅並確認，多年來從未有督察就通道口應否有水密門提出疑問。聆訊周三續。
2012 年造成 39 人死亡的南丫海難，死因庭周一（9 日）展開第 25 日研訊。庭上傳召港燈時任海事主任鄧雲安作供，鄧於 1996 年南丫四號建成時，有份代表港燈驗收。他供稱，當時留意到尾艙艙壁有通道口而沒有水密門，曾當面向財利職員提出，「話咁好呀，畀個通道我哋，佢仲齕我，佢話海事處批得即係得，合約寫明海事處 OK 就 OK，我當堂收聲」。
他認為該處不應有通道口，因其他港燈船隻均沒有通道口，「係嗰架（南丫四號）零零丁丁有」。被問到有否向其他部門匯報事件，鄧則指，既然船隻已獲海事處批出證書，「諗住政府批得都 OK，何必多生事端」，又指「我哋最主要相信海事處驗過，一定 OK」。聆訊周二續。
2012 年造成 39 人死亡的南丫海難，死因庭周五（6 日）展開第 24 日研訊。研訊議題之一是船員有否超時工作，營運海泰號的港九小輪控股董事張大基供稱，公司船員分單更制、雙更制，其中雙更制須 24 小時輪班，由清晨工作至翌日早上，午夜須留守船上休息。
張強調 24 小時工作制過百年來行之有效，船員「都情願行雙更制」而非 12 小時單更制，因船員毋須午夜來往家中，能在船上休息，「佢哋都開心」。家屬方質疑，無人可連續工作 24 小時。張則指，船員非無間斷工作，又指「佢哋（船員）都唔想離開隻船，佢哋都仍然想話 24 小時喺隻船度」。研訊下周一續。
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南丫海難｜被質疑沒做好領導工作 海事處前處長廖漢波：「我盡咗我嘅能力」
2012 年造成 39 人死亡的南丫海難，死因庭周五（6 日）展開第 24 日研訊，海事處時任處長廖漢波續作供，他在家屬方提問下確認，不同意運輸及房屋局在 2014 年內部調查對海事處的批評，又指局方「都係監管我哋，佢都發生同樣嘅問題㗎」。
至於他身為首長級官員，是否沒有做好領導工作，廖表示「我盡咗我嘅能力可以做，我用我有嘅時間做，我就盡咗我嘅力㗎喇」。
前助理處長蘇平治則指，他在 2007 年任職本地船舶安全組總經理時，曾安排同事參加船級社的培訓課程，但培訓不包括「船總長度一成」規例，指培訓項目「唔會去到咁細，政府畀我哋培訓資源唔係咁多」，故培訓主要針對檢查結構及安全設備。
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南丫海難｜海泰號船員須24小時輪班 港九小輪董事稱行之有效
2012 年造成 39 人死亡的南丫海難，死因庭周四（5 日）展開第 23 日研訊。海難發生後，運房局在 2014 年公布內部調查摘要，列出海事處多項不足，包括內部溝通不足、做事因循等。時任海事處長廖漢波出庭作供時指，當時已退休沒閱讀內容。
他在提問下不同意報告大部分批評，指「佢（運房局）有個別嘅觀點，呢個我唔可以阻止」，又認為因發生了事故，報告的意見會「比較 critical（批判）啲」，僅同意培訓及監察制度等「永遠都有啲空間改善」。
另外，針對南丫四號漏裝水密門，海事處前副處長童漢明認為，驗船督察在現場理應察覺到問題，「即係我哋同事嘅警覺性唔夠囉」。主任質疑，多年來至少 7 名督察都沒發現漏裝水密門，「唔係警覺性問題，係工作態度問題」，是否反映部門文化？童不同意，稱「仍然覺得係（同事）警覺性問題」。聆訊周五續。
2012 年造成 39 人死亡的南丫海難，死因庭周三（4 日）展開第 22 日研訊，傳召前高級海事主任李建邦作供，他確認海難中另一艘船海泰號在 2012 年獲海事處豁免，在固定路線毋須遵守法定的航速限制，以便快速接載乘客，但指海泰號仍須遵守國際通用的《避碰規則》，以安全速度行駛，以便有碰撞時採取適當避讓。
李接受家屬方提問時供稱，以他所知海事處審批豁免時，不會考慮船的破艙穩性、載客人數，他亦不知道海事處會否參考同一條航道有多少船隻獲豁免。研訊周四續。
2012 年造成 39 人死亡的南丫海難，死因庭周二（3 日）展開第 21 日研訊，傳召前助理處長蔡志全作供，他被質疑沒發現財利船廠於 1998 年遞交的穩性報告出錯。蔡指，當時主要閱讀下屬計算的穩性報告，不一定有看船廠的報告，「未必 aware（察覺）到問題」。
家屬方指蔡沒按處方指引做好把關。蔡則指，工作指引非強制性，又指「我可以咁講，當時擺喺我面前嘅數據，令我相信隻船係符合咗當時嘅要求」。
另外，1995 年南丫四號建造時，負責檢驗船體內部的時任驗船督察馮偉文供稱，新船建造時，船艙一般不會裝上水密門，以免阻礙施工，又指水密門非船體結構，故不屬他檢驗的範疇，會留待最終檢驗時才跟進。
家屬方提出，海事處最終檢驗的項目清單，不見有水密裝置。馮指，清單沿用多年、項目不齊全，「好多檢驗我哋唔寫晒落去，掉返轉個方法就係邊啲有缺陷先會寫低」，又指若驗船督察沒寫要跟進水密門，「即係代表個檢驗佢滿意」。聆訊周三續。
2012 年造成 39 人死亡的南丫海難，死因庭周一（2 日）展開第二十日研訊，庭上傳召海事處前助理處長廖朝暉作供。他於 2005 年任驗船主任時，曾審批南丫四號就申請升高壓載物而重新提交的穩性報告。
廖供稱，升高鉛壓物並不影響船重，就如「屋企裝修將傢俬搬個位，唔係重大改裝」，故認為處方毋須重新計算穩性數據，只需與過往報告的數據比對。家屬方質疑廖指示下屬毋須重新計算數據、當下屬匯報異常時他亦沒深入了解，是「冇做好你工作」，廖否認。
庭上另質疑，南丫四號的穩性報告沒應用 「船總長度一成」規例，惟廖未有發現。廖重申當時僅對比舊報告，而船隻沒有改裝，「我唔為意到」。家屬方質疑「上一手都錯，你唔為意到，所以繼續錯？」廖回答「係」。聆訊周二續。