2012 年造成 39 人死亡的南丫海難，死因庭周二（10 日）展開第 26 日研訊。港燈工程師羅國昌供稱，知悉南丫四號尾艙艙壁有通道口，與其他港燈船隻不同，但認為只是「設計唔同」，沒有深究。
針對海事處的驗船情況，羅稱驗船督察會進入船艙「環顧四周咁睇」，亦會從尾艙舵機房經過通道口進入油艙。羅並確認，多年來從未有督察就通道口應否有水密門提出疑問。聆訊周三續。
2012 年造成 39 人死亡的南丫海難，死因庭周一（9 日）展開第 25 日研訊。庭上傳召港燈時任海事主任鄧雲安作供，鄧於 1996 年南丫四號建成時，有份代表港燈驗收。他供稱，當時留意到尾艙艙壁有通道口而沒有水密門，曾當面向財利職員提出，「話咁好呀，畀個通道我哋，佢仲齕我，佢話海事處批得即係得，合約寫明海事處 OK 就 OK，我當堂收聲」。
他認為該處不應有通道口，因其他港燈船隻均沒有通道口，「係嗰架（南丫四號）零零丁丁有」。被問到有否向其他部門匯報事件，鄧則指，既然船隻已獲海事處批出證書，「諗住政府批得都 OK，何必多生事端」，又指「我哋最主要相信海事處驗過，一定 OK」。聆訊周二續。
2012 年造成 39 人死亡的南丫海難，死因庭周五（6 日）展開第 24 日研訊，海事處時任處長廖漢波續作供，他在家屬方提問下確認，不同意運輸及房屋局在 2014 年內部調查對海事處的批評，又指局方「都係監管我哋，佢都發生同樣嘅問題㗎」。
至於他身為首長級官員，是否沒有做好領導工作，廖表示「我盡咗我嘅能力可以做，我用我有嘅時間做，我就盡咗我嘅力㗎喇」。
前助理處長蘇平治則指，他在 2007 年任職本地船舶安全組總經理時，曾安排同事參加船級社的培訓課程，但培訓不包括「船總長度一成」規例，指培訓項目「唔會去到咁細，政府畀我哋培訓資源唔係咁多」，故培訓主要針對檢查結構及安全設備。
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2012 年造成 39 人死亡的南丫海難，死因庭周四（5 日）展開第 23 日研訊。海難發生後，運房局在 2014 年公布內部調查摘要，列出海事處多項不足，包括內部溝通不足、做事因循等。時任海事處長廖漢波出庭作供時指，當時已退休沒閱讀內容。
他在提問下不同意報告大部分批評，指「佢（運房局）有個別嘅觀點，呢個我唔可以阻止」，又認為因發生了事故，報告的意見會「比較 critical（批判）啲」，僅同意培訓及監察制度等「永遠都有啲空間改善」。
另外，針對南丫四號漏裝水密門，海事處前副處長童漢明認為，驗船督察在現場理應察覺到問題，「即係我哋同事嘅警覺性唔夠囉」。主任質疑，多年來至少 7 名督察都沒發現漏裝水密門，「唔係警覺性問題，係工作態度問題」，是否反映部門文化？童不同意，稱「仍然覺得係（同事）警覺性問題」。聆訊周五續。
2012 年造成 39 人死亡的南丫海難，死因庭周三（4 日）展開第 22 日研訊，傳召前高級海事主任李建邦作供，他確認海難中另一艘船海泰號在 2012 年獲海事處豁免，在固定路線毋須遵守法定的航速限制，以便快速接載乘客，但指海泰號仍須遵守國際通用的《避碰規則》，以安全速度行駛，以便有碰撞時採取適當避讓。
李接受家屬方提問時供稱，以他所知海事處審批豁免時，不會考慮船的破艙穩性、載客人數，他亦不知道海事處會否參考同一條航道有多少船隻獲豁免。研訊周四續。
2012 年造成 39 人死亡的南丫海難，死因庭周二（3 日）展開第 21 日研訊，傳召前助理處長蔡志全作供，他被質疑沒發現財利船廠於 1998 年遞交的穩性報告出錯。蔡指，當時主要閱讀下屬計算的穩性報告，不一定有看船廠的報告，「未必 aware（察覺）到問題」。
家屬方指蔡沒按處方指引做好把關。蔡則指，工作指引非強制性，又指「我可以咁講，當時擺喺我面前嘅數據，令我相信隻船係符合咗當時嘅要求」。
另外，1995 年南丫四號建造時，負責檢驗船體內部的時任驗船督察馮偉文供稱，新船建造時，船艙一般不會裝上水密門，以免阻礙施工，又指水密門非船體結構，故不屬他檢驗的範疇，會留待最終檢驗時才跟進。
家屬方提出，海事處最終檢驗的項目清單，不見有水密裝置。馮指，清單沿用多年、項目不齊全，「好多檢驗我哋唔寫晒落去，掉返轉個方法就係邊啲有缺陷先會寫低」，又指若驗船督察沒寫要跟進水密門，「即係代表個檢驗佢滿意」。聆訊周三續。
2012 年造成 39 人死亡的南丫海難，死因庭周一（2 日）展開第二十日研訊，庭上傳召海事處前助理處長廖朝暉作供。他於 2005 年任驗船主任時，曾審批南丫四號就申請升高壓載物而重新提交的穩性報告。
廖供稱，升高鉛壓物並不影響船重，就如「屋企裝修將傢俬搬個位，唔係重大改裝」，故認為處方毋須重新計算穩性數據，只需與過往報告的數據比對。家屬方質疑廖指示下屬毋須重新計算數據、當下屬匯報異常時他亦沒深入了解，是「冇做好你工作」，廖否認。
庭上另質疑，南丫四號的穩性報告沒應用 「船總長度一成」規例，惟廖未有發現。廖重申當時僅對比舊報告，而船隻沒有改裝，「我唔為意到」。家屬方質疑「上一手都錯，你唔為意到，所以繼續錯？」廖回答「係」。聆訊周二續。
2012 年造成 39 人死亡的南丫海難，死因庭周五（30 日）展開第十九日研訊，傳召海事處時任高級驗船督察黃鑑清出庭作供。他曾於 1996 年及 2012 年為南丫四號驗船，並確認於 1996 年新船檢驗時，需入船艙檢查積水抽取系統，但對於舵機房與油箱房之間的通道口沒有印象。
至於 2012 年的最後檢驗，黃指當時須檢驗甲板上的水密裝置，甲板下則須檢查機房。被問及會否檢查其他船艙，黃則指要「睇情況囉」。研訊主任追問「咩情況？」，黃回應指「記唔起喇」。
另外，就另一驗船督察早前供稱，南丫四號於 2005 年申請升高壓載物時，他考慮到有關申請不影響船重，故請示後認為毋須重新計算穩性數據。時任首席驗船主任梁榮輝周五供稱，壓載物位置有變，明顯會影響船隻穩性，同意研訊主任所指，處方應重新計算數據。
2012 年造成 39 人死亡的南丫海難，死因庭周四（29 日）展開第十八日研訊。南丫四號在 2005 年申請升高船底壓載物，海事處時任驗船督察周圖銳在場觀察傾斜測試，他供稱當日經甲板的通道，進入各個船艙檢查，毋須經過艙壁之間的通道口。
研訊主任指，周檢查時須確定船艙為獨立艙，「如果你有睇（通道口），咪知油艙唔係獨立艙？」周指，當時環境太黑，他手持電筒入船艙並沒有檢查艙壁，而他確認是否獨立船艙的方法，是檢查甲板上有否入口，「我已經睇咗佢上面係可以落到去，係一個獨立艙嚟」。
周另負責審批南丫四號該次申請的穩性計算書，他指，由於升高壓載物不影響船重，請示上司後認為毋須重新計算穩性數據，最後以南丫四號 1998 年的穩性數據作比對，便批出短期驗船證書；又指自己當時不認識計算數據時須遵守的「船總長度一成」規例。
