2012 年造成 39 人死亡的南丫海難，死因庭周二（17 日）展開第 31 日研訊，傳召海事處助理處長陳思賢，講解海難後海事處的跟進措拖。
就海事處審批南丫四號圖則及多次年檢都沒發現漏裝水密門，陳指事後已增設專責團隊檢查圖則是否一致，確保釐清疑問才批准建船，並引入正規培訓。他又認為，船廠和船東都有責任確保船隻安全，如設計有改動須主動通報，「佢哋（船廠）認為海事處係為佢哋守尾門，呢樣我覺得好奇怪」。
陳又指，應在審圖階段及早發現設計問題，而非要求驗船督察在年檢時重新檢查圖則，形容南丫四號的問題，包括船廠改動設計但沒通知任何人、圖則出現含糊之處，屬「千年一遇一個好奇怪嘅現象」，若因此改變沿用多年的驗船程序，「cater（應對）一個咁罕有嘅意外」，不符成本效益。
2012 年造成 39 人死亡的南丫海難，死因庭周一（16 日）展開第 30 日研訊，傳召港九工團聯合總會主席李國強。針對港九小輪轄下海泰號的船員，以雙更制 24 小時值班工作，李提到在海難發生前數月，有一艘新渡輪客船與中國貨船相撞，海事處調查後於 2013 年發表報告，確認 24 小時值班制致船員疲勞，或是意外成因之一，建議改善編更制度。
李認為，「如果呢個報告早啲交畀船公司睇，佢哋可能會對 24 小時（值班）呢個做法有所調整都未定，唔知會唔會喺南丫撞船嗰度有一個影響」。家屬方另提到，處方就南丫海難檢討後，曾建議規管船員每日最多執勤 13 小時，惟有關措施從未實行，李確認指「冇聽過有實行呢個做法」。
另外，有記者周一在法院外拍攝證人時遭警查問，稱拍到法院範圍「好敏感」，其中一名記者遭扣留證件約 20 分鐘，要求她聯絡其他未登記的記者折返登記。該名記者向《法庭線》指，當時警員拒絕歸還證件，要求她先聯絡其他記者，形容「有少少似人質」。警方回覆查詢指，該名出示證件人士是「在場助查」。
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2012 年造成 39 人死亡的南丫海難，死因庭周五（13 日）展開第 29 日研訊，傳召港燈董事總經理鄭祖瀛作供。他指，港燈買船時沒有造船專家監督，若財利改動結構有責任「白紙黑字」通知，又指港燈依賴海事處發牌，確保船隻安全航行。
海事處一方質疑，港燈有責任確保船隻安全，惟港燈沒跟進尾艙壁通道口無水密門，不符標書規格。鄭重申，相信海事處的專業判斷，「如果係海事處發到牌，我哋作為用家，係從無一天，覺得隻船係唔安全，直到撞船嗰一刻」。
庭上另傳召時任驗船督察劉建華作供，他多次拒絕評論若發現尾艙壁無裝水密門，會否提出疑問，稱「我 no comment（不評論）」，又指自己已退休 5 年，不便評論。死因裁判官最後指證人對研訊「不太有幫助」，拒批證人費。研訊下周一續。
2012 年造成 39 人死亡的南丫海難，死因庭周四（12 日）展開第 28 日研訊。港燈時任海事主任鄧雲安早前供稱，南丫四號新船驗收時，留意到尾艙艙壁有通道口而沒有水密門，曾當面向財利職員提出，遭對方反駁「海事處批得即係得，合約寫明海事處 OK 就 OK」。
財利一方周四向法庭申請呈交鄧於 2013 年調查委員會的證供，指其證供與當年不一致。死因裁判官周慧珠考慮後，批准財利一方的申請，但指鄧早前作供時，各方均積極提問，財利方卻沒即時提出質疑，批評其做法對各方不公，強調是次批准申請屬例外。聆訊周五續。
2012 年造成 39 人死亡的南丫海難，死因庭周三（11 日）展開第 27 日研訊，傳召港燈前水手梁國有作供。梁憶述，南丫四號新建成時已沒有水密門，當時覺得不常見，但沒告知高層，稱「我哋一般水手點會咁多齮齕」。
他又指，南丫四號航行時較搖擺，曾遇上大風浪「船傾斜好犀利」，故公司決定做傾斜測試，再申請增加壓載物。他認為，通道口沒安裝水密門，「假如冇撞船咪冇問題，如果嗰個位置受重創，（船艙）原本可以獨立，依家開個窿咁大，一有水，好快兩個艙就會灌滿水」。聆訊周四續。
2012 年造成 39 人死亡的南丫海難，死因庭周二（10 日）展開第 26 日研訊。港燈工程師羅國昌供稱，知悉南丫四號尾艙艙壁有通道口，與其他港燈船隻不同，但認為只是「設計唔同」，沒有深究。
針對海事處的驗船情況，羅稱驗船督察會進入船艙「環顧四周咁睇」，亦會從尾艙舵機房經過通道口進入油艙。羅並確認，多年來從未有督察就通道口應否有水密門提出疑問。聆訊周三續。
2012 年造成 39 人死亡的南丫海難，死因庭周一（9 日）展開第 25 日研訊。庭上傳召港燈時任海事主任鄧雲安作供，鄧於 1996 年南丫四號建成時，有份代表港燈驗收。他供稱，當時留意到尾艙艙壁有通道口而沒有水密門，曾當面向財利職員提出，「話咁好呀，畀個通道我哋，佢仲齕我，佢話海事處批得即係得，合約寫明海事處 OK 就 OK，我當堂收聲」。
他認為該處不應有通道口，因其他港燈船隻均沒有通道口，「係嗰架（南丫四號）零零丁丁有」。被問到有否向其他部門匯報事件，鄧則指，既然船隻已獲海事處批出證書，「諗住政府批得都 OK，何必多生事端」，又指「我哋最主要相信海事處驗過，一定 OK」。聆訊周二續。
